İstanbul’un fethinden bir gün önce Ayasofya’da imparatorun, bütün devlet ve saray erkanının göz yaşlarıyla katıldığı büyük bir ayin yapılır. Bu Ayasofya’da yapılan son ayindir. Ayrıca sokaklardan papazların idare ettiği ayin alayları geçirilmiş, bütün halk bu alaylara katılmış, İstanbul’un içi “Kyrie eleison” yani Ya Rabbi bize merhamet et dualarıyla çınlamış, kadın ve çocukların vaveylaları içinde yoluna devam eden alay surlara kadar ilerleyerek Bizans’ın son tahkimatını takdis etmişlerdir.

Türkler İstanbul’u zaptettikleri zaman (29 mayıs 1453) müdafaasız halk kiliseye sığınmıştı. Halk şu inancı taşıyordu; Türkler Büyük Konstantin sütununun yanına kadar geldiklerinde gökte bir melek zuhur edecek ve bunu gören Türkler bir daha dönmemek üzere Asya’da ki vatanlarına (İran sınırı) çekileceklerdi. Fakat Türkler gelmişler mabedin kapılarını açarak içeri girmişler ve orada korkudan birbiri üstüne yığılmış olan erkek ve kadınları esir etmişlerdir. Burada cebren içeri girmek mecburiyetinde kalan Türk askerleri hiç kimsenin hayatına dokunmamış ve yalnız esir almakla yetinmişlerdir. Türk ordusu değil Ayasofya’ya sığınanları öldürmek, İstanbul’a girdiği vakit Fernand Grenard’ın ifadesiyle yalnız silahla mukavemet gösterenleri ve vaziyetleri şüpheli görülenleri öldürmüşler, mütebakisini esir etmişlerdir.

Kapılarını kırıp Ayasofya’ya giren Fatih’in askerlerinin yaptıklarını abartılı bir şekilde anlatan Dukas, mâbedin içinde hiçbir şey bırakmadılar der. Ayasofya da dahil sanat ve kültür eserlerini tahrip edenler Türkler değil, bir kısım batılı kaynakların da teslim ettiği gibi, Türklerden iki buçuk asır önce İstanbul’u Bizanslılardan zaptetmiş olan Avrupa Haçlılarıdır. Şurası unutulmamalıdır ki, Osmanlılar Ayasofya’nın çan kulesini bile yıkmamışlardır. 1847-1849 yılları arasında gerçekleşen tamirde İsviçreli mimarlar Bizans devri mozayiklerinin hâlâ çok iyi durumda olduğunu görmüşlerdi. Eğer Türkler tahripkar davransaydı mozayiklerden eser bile kalmazdı. Zaten harap ve perişan bir halde olan İstanbul’u alan Fatih, derhal imar faaliyetlerine başlamıştır. Türk fethi Bizansı yıkmış ama İstanbul’u kurtarmıştır.

Andre Clot, Fatih Sultan Mehmet adlı eserinde, öyle görünüyor ki büyük kilisede çok az kan döküldü. Türkler orada bulunanları tutuklayıp sonradan köle yapmakla yetindiler der. Yine aynı yazar Fatih’in akşam sivillerin tutuklanmasının durdurulmasını ve yağmalamaya son verilmesini emrettiğini, orduya mensup her kişiye, her askere kent halkını, kadınları ve çocukları öldürmeyi veya köle almayı da bunlara karşı kötü davranılmasını yasaklıyorum. Bu emre karşı gelen herkes öldürülecektir dediğini nakleder. Osmanlılar merhametli davranmayı kan dökmeye tercih etmişlerdir. Ayasofya sahasını hiçbir katl veya idam lekesi kirletmemiştir.

Fatih, umumiyetle rivayet olunduğu gibi, at üzerinde değil, fakat yaya olarak kiliseye girmiş ve müezzine ezan okutarak maiyeti ile beraber namaz kılmıştır[. Maalesef ünlü ressam Delacroix, Paris Louvre Müzesinde bulunan Fatih’in Ayasofya’ya girişini temsil eden tablosunda sultanı atıyla mabede girer gibi göstermiştir. Hata etmiştir. Fatih Ayasofya’ya girince secde-i şükrana kapanmış, iki rekat namaz kılmış, ilk ezanın da bu sırada okunduğu rivayet edilmiştir.

Fatih düzenlenen tören alayı ile şehre girince kuvvetli rivayete göre doğruca Ayasofya’ya gitmiştir. Osmanlı Türklerinde bir gelenek olarak devam eden, asırlardır tatbik edilen bir kural vardır. Bu kural bir memleket veya kale fethedildiği vakit ordu içeriye girip burçlara bayrak çekerken surların üstünde ezan sesleri yükselir ve şehrin en büyük kilisesi derhal camiye tahvil edildikten sonra ilk Cuma namazı bu ilk camiide kılınırdı. Bu tarihi ve milli an’ane gereği Fatih vakit geçirmeden Ayasofya’yı camiiye tahvil etmek gayesiyle Ayasofya’ya yönelmiştir. Fatih buraya gelince atından inerek yaya olarak içeriye girmiştir. Burada belirtmek gerekir ki Fatih at üzerinde değil yaya olarak mâbede girmiştir. Fatih mâbedin azametini görünce hayran kalmıştır. O sırada bir Türk askerinin mabedin mermerlerinden birisini kırmakta olduğunu görünce Fatih, bu tahribatı neden yaptığını sormuş, o asker de din için yaptığını söylemiştir. Fatih bu askerin tahribatına mani olmuş, askeri yakın koruma dışarı çıkarmıştır. Fatih burada “servet ve esirler size yeter, şehrin binaları bana aittir” der.

Yanında bulunan bazı İtalyan ve Rumlar’ın rivayetine göre Fatih, mozaiklerin sökülmesi teşebbüsünde bulunan mimarlara hitaben; “Durunuz! Bu mozaik resimleri günaha sebep olmamaları için bir kireç tabakasıyla örtmekle yetininiz! Fevkâlâde olan bu kakmaları koparmayınız” demiştir. 1930’lı yıllarda Amerikan Bizans Ensititüsü namına Ayasofya mozayiklerini araştırmakla görevli Thomas Whittemore “bu mozayiklerin hiç birinde insan tarafından tahribat ika edildiğine ait bir iz görülmemiştir. Hatta binanın her tarafında yüzlerce haçlar hiç bozulmadan kalmış olup binanın uzun müddet Türkler tarafından muhafaza edildiğine şehadet etmektedir”.Ayasofya İstanbul’un fethinde usulden olduğu üzere şehrin büyük kilisesi olarak camiye çevrildi.

Bizans tarihçisi Dukas, Ayasofya’da ilk ezanın okunmasından ve ilk namazın kılınmasından duyduğu ızdırabı şöyle dile getirir “adem-i meşruiyetin veledi, Deccal’ın mübeşşiri, mihraptaki mukaddes din taşının üstüne çıkarak, namazını kıldı. Nedir bu nekbet ? Heyhat nedir bu dehşet veren acibe, eyvah ne olacağız? Vay vay, neler görüyoruz? Altında havarilerin ve şehitlerin mübarek bakiyeleri medfun bulunan bu mukaddes mihrap üzerinde bir Türk, bu mihrabın üzerinde bir dinsiz ? Ey güneş titre ! Allah’ın kuzusu nerededir? Bu mihrap üzerinde kurban olan, yenilen ve hiçbir zaman tükenmeyen Babanın oğlu nerede ? Hakikaten fasit bir neticeye vardık, günahlarımızdan dolayı bizim ibadetimiz, diğer milletlere nispetle, hiç nazarı itibara alınmamıştır.

Fethin üçüncü günü Cuma günü Fatih, Ayasofya’ya gelip ilk Cuma namazını askerleriyle beraber kılmıştır. İmamete İstanbul’un fethinin manevi mimarı Akşemseddin geçmiş, ilk olarak Fatih namına hutbeyi de bu nurani zat okumuştur. Bu arada üç gün zarfında bir de tahtadan minare yapılmıştır. Yapılan minber ve mihrap zamanımıza ulaşmamıştır. (Şimdiki mihrap ve minber daha sonra yapılmış olup Fatih’in yaptırdığı değildir. 16. yüzyılın izlerini taşır.

Okunan bu hutbe Osmanlılar içinde okunan hutbelerin belki de en mukaddesi, en sevinçlisi, en büyük şan ve şerefe sahip olanı idi. Çünkü o güne kadar sekiz buçuk asırdan beri bütün müslümanların ulaşmayı şiddetle arzu ettikleri bir fethi Cenab-ı Hak tarafından Osmanlı padişahlarına ve onun tebasına verildiğini ilan etmekte idi. Fethin komutanı ve gazileri, sahabe-i kiramın bile şiddetle arzu ettikleri büyük bir saadete ve Hz. Peygamberin “ne güzel komutan ve ne güzel asker” övgüsüne mazhar olmuşlar idi